“十一五”时期是我国食品药品监管体制与机制逐步建立、完善的五年，是食品药品监管工作全面加强、食品药品安全形势持续好转、医药产业快速发展的五年。在此基础上，国家“十二五”规划建议明确指出，要坚持把保障和改善民生作为加快转变经济发展方式的根本出发点和落脚点。另一方面，“十二五”时期，食品药品安全保障水平还相对滞后，食品药品安全仍处于矛盾的凸显期和问题的高发期，同时，整个社会对健康需求越来越高，对食品药品安全“高敏感”，对食品药品安全事件“零容忍”，所以，当前面临的监管形势更加错综复杂。
在食品安全保障方面，《规划》客观指出了我国依然严峻的食品安全形势，深入分析了“十二五”食品监管面临的机遇与挑战，明确将围绕食品质量安全标准化这个核心，落实食品药品企业主体责任和政府及其部门监管责任，强化宣传教育培训、督查检查稽查、检验监测评估三个手段，实现人民群众饮食安全的这一根本目标。各地方在落实过程中创新地提出了食品质量安全中介服务制度和风险监测制度，积极规划了小微餐饮整治等民生项目，并结合我国实际，就市场准入法制化、监督管理信息化、产业发展规范化等提出了对策措施，使规划更加贴近民情。
同时，“十二五”规划也将以下五个方面工作作为食品安全工作重点，包括：严格规范餐饮服务许可、深入开展餐饮服务食品安全整顿和专项检查行动、权利保障重大活动餐饮服务食品安全、有序开展监督抽检、风险监测和专项评价以及继续加强餐饮服务食品安全日常监督管理。此外，针对我国食品产业初级加工能力过剩，精深加工严重不足、龙头企业缺乏，品牌效益不强等问题，要贯彻规划的精神，坚持绿色+规模+科技+名牌的发展思路，继续改造提升传统产品，培育发展新兴产品，通过产业的延伸与创新，优化存量和调整增量的互动，解决传统产品不“新”和新兴产品不“大”的问题，从而建成良性循环和可持续发展的绿色食品产业。
在药品安全保障方面，规划明确了“十二五”时期药品安全工作的总体目标和重点任务，并要求建立药品安全监管长效机制，完善药品价格形成机制、集中采购政策和药品抽验工作机制，健全问题药品与退市药品召回处置制度。开展医药企业信用等级评价，建立企业诚信档案，对严重违规、失信者实行行业禁入。加强对特殊药品和疫苗的监管，依法严厉打击制售假冒伪劣药品行为，深入整顿和规范药品市场秩序。
在未来，我国将通过“重大新药创制”科技重大专项、国家高技术研究发展技术863、国家重点基础研究发展计划973、国家科技支撑计划等国际科技计划以及国家自然科学基金、高技术产业化专项等方式，加大对医药创新的支持力度，重点推动创新药研发，因此未来的投资仍将围绕“创新”这一主题，将进一步加快产业结构调整，加快产业技术升级。同时，新政策将深化产业结构调整，对创新企业给予扶持，鼓励国内企业推进自主知识产权药物的开发，对企业自主知识产权的创新性、科技内涵和质量水平提出了更高的要求。
食药品安全，监管是重点。在监管体制上，在2009年6月，食品药品监督管理部门经历了自2002年成立以来的第三次机构改革，由省以下垂直管理改为分级管理，组建了地级食品药品监管局和食品监督所。职能调整上，将综合协调食品安全、组织查处食品安全重大事故的职责划给卫生部门；同时将卫生部门食品卫生许可，餐饮业、食堂等消费环节食品安全监管和保健食品、化妆品卫生监督管理的职责，划入食品药品监督管理局。经过三次重大机构改革，食品药品监管领域扩大，监管重心下移，监管机构逐步完善。这样“十二五”开局，适应新的体制，重新架构监管责任体系，从而使新体制运转自如成为迫在眉睫的重大课题。
一方面，食品药品安全处于矛盾凸显期和问题高发期。虽然食品药品安全总体状况是好的，但仍将处于矛盾凸显期和问题高发期，食品药品安全隐患依然不少。从监管体制机制完善、产业发展整体水平不高，到违法行为频发、手段更隐蔽等，均需要长期重视与不断改进。另一方面，食品药品安全监管也处于发展期和机遇期。食品医药产业作为我国现代产业体系和战略性新兴产业的重要组成，将逐步由大变强，实现又好又快发展。随着全面建设小康社会进程的加快，随着人民群众对健康需求的持续提高，随着医药卫生体制改革的不断深入，食品药品监管必然持续加强。党的十七届五中全会，以及国家“十二五”规划建议都把保障和改善民生作为加快转变经济发展方式的根本出发点和落脚点，把食品药品安全作为社会建设的重要内容，也必将给我国食品药品监管带来跨越式发展的机遇。